・主人公以外の運転手の活躍が地味。これは無印でも問題点だったが、リンク合体が存在しない関係で、主人公機以外の勝ち星が無印より少ない。
⇒特にE7については敵にトドメを刺したのが6話のみ。そのアズサコウデンアツアックスの使用回数も一度のみである。
・主人公と関係が良くない運転手（ヤマカサ、ギンガ）が登場するが、関係が良くなるまでの経緯があまりにも雑。
⇒ヤマカサは『シンが苦手だったおきゅうとを克服したから』が理由になっており、対立していた理由である「非科学的なものを信じない」という点においては一切解決されてない。ギンガについては「リーダー争い」についてシンと対立するが、和解した理由が「エキスカリバーの輝きで助けられ、シンのスタンスに賛同したから」とヤマカサ程ではないが、理由付けとしては弱い。
・本庄アカギがシンカリオンの決闘をうっかり許可してしまう無能描写。無印でも残念な男という描写は強調されてきたが、超進化研究所の職員として残念な扱いをされることはなく無能に分類されるキャラでは断じてなかった。
⇒そのシンカリオンの決闘についても決闘は一切行われることはなかった。
・同じようにキトラルザスのソウギョクについてもキャラ改変が行われる。無印では劇場版含めて元凶とも言える立ち位置であり、仲間のゲンブでさえ手に欠ける冷酷な敵キャラとして描かれていたが、今作ではテオティに振り回されるネタキャラとして描かれており、前作にあったボスキャラとしての威厳が皆無。