・カンナギがヴァルドムを牽制しに見張りもなしにアブトを向かわせる。セツラが尾行し、共に地球に向かうが、ダークシンカリオンではなく、新幹線に乗って移動する。移動手段にも違和感がある上に、テオティの背景が語られたことを考慮しても、シンに状況を全く伝える素振りを見せない。
・制作陣のTwitterから垣間見える制作環境の悪さ。制作陣のTwitterから制作環境の悪さを暗に示すツイートや散見される。
・告知なしで山口監督が降板し、池添監督に変更。
・シンカリオンオフィシャルファンクラブ『新幹線超進化研究所特別支部』のコンテンツの薄さ。入会金1100円年会費4400円にも関わらず、半年経過時点で、特典は会員証、Zコード、既出絵の壁紙等と、会費に釣り合っているとは言い難い。
・放送休止が異常なまでに多く、11月迄で放送休止が6回発生している。
・無印キャラの扱い。描写不足なZの登場人物を持ち上げる発言が多く、ホームページの登場キャラクター一覧には未記載。