2期1話が過去話で9Sが不正アクセスで真実を知った、
もしくは知ろうとしたから2Bに処刑され続けたってことなら
1期でも9Sは不正アクセスしてたけど処刑されずに見逃されていたってことは
司令官が人類会議の命令に従わなかったってことでいいの？