マザーって父のためとか言いつつ何で有機人間滅ぼしたかったの？生みの親であるアダムは共存しようとしてたのに。そこの意志疎通はとれてなかったのか？

人類の更なる進化を目論むマーカスがマザーを作る。
マザーが有機人間を機械人間化させるもこれ以上の進化が見込めないと察し、アンドロイドを作って機械人間に戦争ふっかけて滅ぼして、アンドロイドを新人類にしようとした。
結果追い詰められた機械人間がアダムもといマーカス筆頭にネイティブ化して反逆するもネイティブは理性がなく、元になった機械人間にすら攻撃するため何だかんだうやむやになって一部が宇宙へ逃亡。残された連中がザイオン作る。
その際にマザーが有機人間とアンドロイドの戦争、ネイティブの起源が有機人間であることに関する記録を隠蔽したと。