ソースコードがあってもヘファイストスを作ることができないんだから、何らかの理由で1000年後の時代ではガイアや副次機能を作ったりコピーしたりすることはできないんだろう

それならそうで作中で明言してほしい気もする
FWのシナリオが微妙に感じるのって、テクノロジー周りの設定がガバガバで展開がどうとでもなっちゃうのもある