[事実]
オリジンには世界データの保存とその再生(復元)機能が備わっている。
ニアメリアは世界の融合による消滅現象の後でオリジンの機能により世界を復活させようとしていた。
しかしその消滅現象は現在時を止めることでメビウスやゼット(人々の恐怖)によってある程度食い止められている。

[考察]
世界が融合しようとしたその時、時間が止められた←OP(①)
…がノア達が止められた時間の中(止まった時間の中での1000年間)で①よりも後の未来が変わった←ED

一瞬の1000年間により未来は変わり世界は融合·消滅することなく2つの世界は別々に分れていった

そしてこのオリジンの機能を実現可能としているのは両世界のトリプロの能力。その際アルビスとプネウマはオリジンに組み込まれる形でいなくなった。

ようはEDは過去に戻ったとかではなく、OPとEDは繋がってて、そのスキマにこの1000年間はあったんだと思う。
まあ夢オチになっちまってるな。