ゼットとしては時間を止めたつもりだったけど実際には完全には止まってなくて、
アイオニオンでの1000年が現実世界(1と2世界)での数秒相当みたいな極端な加速空間になっていた
それでも時間が流れていることは変わりないから、現実世界の融合と消滅が消滅現象という形でアイオニオンにも反映されていた
だからたとえノア達がゼットを倒さなくても、数千年後のアイオニオンはスカスカのチリが漂うだけみたいな世界になっていたはず

この理解でいいはず