最初期のアイオニオンは、アグヌス(ニア)とシティは協力関係だったと思う
ニアがM誕生までは起きてたこと、最初のシティがアグヌス城の近くにあったこと、最初のウロボロスストーンを起動させた奴が「女王陛下から託された思いを成就できる」と言っていたあたりが根拠

ノア回想
1周目では、寿命まで3カ月生き、どこかの戦場で敗北
2周目では、ほぼ満10年生き、オリジン内まで到達して敗北(背景は見えないが足元がラスボス戦の足場、ゼットの背後にオリジンのコアっぽい光)
3周目では、雪山でミオと二人で逃亡(おそらくそのまま死亡)
4周目では、子供を産み幸せに暮らすが、ノアミオ共に10年の刻限が来て消滅
(2周目でゼットに「これで何度目になるか」って言われてるから、実際は4周以上繰り返してるはずだけど)
4周目の消滅で本来は再生されないはずなので、この直後にメビウス化。その後に最初のシティ壊滅

作中のシティの始祖6人はその後の話だから、ノアの繰り返し回数を考えると100年前後は経過してそう