赤い藻に見えてるいるのはミドリムシ
富栄養化した池や田で大量発生するが稲の生育には影響がない

除草されてない田んぼとそうじゃない田んぼがある理由は色々考えられるが
自分の家の田んぼだけを丁寧に作っている場合は除草剤を撒くなり普段の管理も行き届いていると思うが
高齢化で農業法人などに耕作を依頼している場合、法人によっては大量の田んぼを請け負っているので
細かい管理までできてない田んぼも見受けられる