ベタ基礎の下に接地棒を埋め込み、基礎の立ち上がり上部から引き出すことを考えています。
このとき使う電線orケーブルはなんでしょうか？

途中に水切りスリーブを付けるみたいなので、ＣＤ管とかじゃなく電線をコンクリートに直埋だと思います。
コンクリートに直埋できるCB-VV or CB-EVを使うんですかね？