図鑑は遭遇で解放されるから全滅しても倒した数0で登録される。
でも倒さないと一度きりの敵ボーナスつかないから弱点と耐性は手動で埋めなきゃいけないし
ドロップは無理だと思うよ。
ちなみに技や見切りも全滅しても次の時代の道場に登録される。