天皇家が滅ぼされなかったのは、
時の権力者にまともに逆らった天皇・皇族がほぼいない…という点が大きいかと

ざっとみるに
大化の改心、後鳥羽上皇、後醍醐天皇ぐらいか？
大化の改心は天皇側が勝ち、
後鳥羽の時は一大粛清だったけど、天皇家廃止まではしなかったな
結果として平家の天皇が誕生する事態になった

後醍醐はよく知らん

他に時の権力者にまともに逆らった天皇・皇族はいるのかな？

まあ、歴史を見ると、天皇・皇族がでしゃばる時代は日本は戦乱に満ちてロクなことになってないんだよな