消滅後に世界を元に戻す計画だっていうのはニアが言ってるんだから、オリジンが再起動したら当然2つの世界に戻るのはわかるでしょ
勝手に「アイオニオンは仮想世界」だとか「消滅後にオリジンが作った世界」みたいな設定を各々つけるから分離に疑問を持つ