アラン機関は千束の殺しの才能を見出して人工心臓を植え付けた
千束が不殺を貫くといずれ心臓が止められてしまうのでシンジはそれを防ぐためにあえて刺客を送り込み千束に殺しの才能を発揮させようとしている
みたいな感じなのかな
まあ単純に、殺しの才能発揮してみろ！って感じなのかもしれんけど