原作ストックがあるというのはちょっと考え方におかしな部分がある。

元々複数の期が確約されているならいざ知らず、
次があるかも分からない作品で面白い話を後に回す制作陣なんてある訳がない。
そういう場合、その時用意できる最も面白い話を全力投球する事になる。

にも関わらず、原作にあるのにやらなかった話というのは、

・アニメ化を前提とした場合、面白みに欠ける話と判断された
・地上波として不適切にならざるを得ない話と判断された

このいずれかだよ。