ループとか巻き戻り物は色々曖昧になるからぶっちゃけあんま気にしてはないけど
灰と原種いない世界を再構築する（した）なら愛央が周回する必要ないしその辺はよくわからんね
単にそこは変えようのない摂理だったとかいくらでも言いようはあるけど

2周目EDは選択キャラの愛央に会いたい想いが世界構築の材料になって
愛央も皆と同じ、コモンの名簿に存在する世界線に誕生できたって事なんかな
その世界でも原種問題が残ってるなら別の形でまた物語が展開できると