あーなんか分かった気がする
多分ゼノギアスとゼノサーガで概念的存在だったものをゼノブレでは分かりやすくするために実体を持たせてるんだよ(結果的に余計分かりにくくなってる気もするが)
アイオニオン全体は虚数領域を表現しててオリジンは集合的無意識、メビウスやアイオニオンの人々は個々の「意識」であり本体は実数領域に存在する。
要するに1世界(負の実数領域)、2世界(正の実数領域)、3世界(虚数領域)が存在してて虚数領域の意識が消滅を恐れたことによって実数領域が停止し、虚数領域内で3のストーリーが展開され、エンディングで実数領域が再度動き出した。

仮想世界説に近いけどゼノ的に考えるとこれだろ