ちょっと遅れた話題だけど、仮想空間のようなものと仮定した方が説明しやすい事象は多いんだよね
だから仮想空間説が出るのも全然わかる
ただ個人的には、1または2の宇宙（発生プロセスを考えたら2が有力）と時間的空間的に連続した世界だと思ってる
主な理由としては、
①世界中に散らばったオリジンの欠片の存在。仮に仮想空間等に作り直したのであればこれらの要素は不要なはず。
②天空の砦に保存されたハナの存在。ハナ”だけ”が特別だった理由は、世界の再構築の際に、生命体ではないハナだけ上手く再構築が出来ず、物理的に生成後の世界に持ち込む必要があったと思われるため。
③ノポンと最初のシティの人々。ノポンもやはりゼットの作る世界には不要の存在。衝突後に生き残った元世界の住人だと考えるとその存在は自然に説明できる。ただし、黎明期にニアがオリジンの能力を用いて作った可能性もあるため上記よりはやや薄い
④EDでの世界の分離。実存する世界であるため、元の世界を再生するためには必ず分離する必要があった。仮想世界ならその必要はないはず。ただし、世界構築においてメモリ等の都合で破棄する必要があったなどの可能性もあるため、やはりやや薄

最後にメタ的意見だけど、仮想空間というアイオニオンを残せる余地のある設定ならああいうエンディングにしないという創作者視点が心情的に大きい