こんな感じかと思ったけどどうかな

・2つの世界消滅
・オリジンが起動しようとしたらゼットが止める
・ゼットがオリジンのコンテンツ使ってアイオニオン生成
・オリジン起動せずにアイオニオンの中ならずっと幸せじゃん
・復元した人が幸せな生活しだして絶望が減る
・世界維持するには⇒絶望ないと維持できないじゃん
・オリジン弄るのには鍵いるじゃん⇒メリアを確保
・命の危機が常にある仕組みで絶望を常時継続しよう
・子どもつくられると制御できないじゃん
・戦争システム構築
・余力ができたので、エックス、ワイをつくって手伝わせよう
・エックス⇒メビウススカウト
・ワイ⇒灯時計、記憶成長制御など制作
・寿命制御、瞳管理、灯時計システムなど構築　執政官制度導入

ニア・人類サイド
・メリア解放するためニアが「ウロボロスストーン」開発
・ニアとシティの人たちが力を合わせてメリア救出を試みる
・エヌ爆誕⇒シティ壊滅
・生き残りと元ケヴェス、アグヌス兵でウロボロス発動＋ニアで一矢報いる
・この時のウロボロス達で新しいシティ構築、ニア眠りにつく

その他
・正確には時間が止まっているのではなく、オリジンの素材でつくった仮想世界
・メリア・ニアは寿命制御や瞳制御前に復元されたので、瞳通信などはない
・メリアは捕まる前にオリジンにおける「モナド」の素材をつくりノポンに託す
・ケイやトライデンなどは寿命制御導入前にメビウス化したので年取ってる
・シティーはメリア解放が目的だったのでメリア崇拝
・メリア解放によりオリジン管理権限を戻し、キャッスルロボ化なども自由自在
・ゼットの対極の存在がノア。ノアの対存在がミオで何度でも復活する（「どれだけ堰き止めようとも～」はノアの復活に対してかなと思ってる）
・最後はオリジン起動し、予定通り2つの世界生成、ノア消滅

・追加シナリオは、みんなの記憶や願いから２つの世界が本当に一つの世界になりアイオニオンやノアが復活するミオ主人公の物語ではないかと予想