ロードオーダーのベセネットへの保存は便利だけど、そのチェックから漏れるとゴーストになるのはシステムの欠陥だね
あっちのスレの話でゴースト埋めて再度削除で戻らないのは、依存関係にある複数MODなのが災いしてそうだけど
現在ネット上に無いのは削除しないで、ベセが修正するか様子見したほうがいいだろうね