あとは削除する順番かな？
旧システムだとメインファイルを先に消すと依存MODが見えなくなってたよね
有効化できないのも先頭に表示されたと思うけど
とにかくゴーストになる条件があるから考えてみるといいよ
再度削除で空き領域が増えれば成功だね