金融機関のATMは知らんけど、俺が昔アルバイトしてたガソリンスタンドの釣銭機は汚れや4つ折り、
しわがある札と２０００円札は別な場所に格納されて出金しない仕組みだった。
たぶんATMも似たような仕組みになっているはずだから、許容範囲の紙幣だ出てきたんだと思う。