南京事件に対する日本政府の見解は、外務省ホームページ「歴史問題Q＆A」に、以下のように書かれている。

問6「南京事件」に対して、日本政府はどのように考えていますか。
1．日本政府としては、日本軍の南京入城（1937年）後、非戦闘員の殺害や略奪行為等があったことは否定できないと考えています。しかしながら、被害者の具体的な人数については諸説あり、政府としてどれが正しい数かを認定することは困難であると考えています。

２．先の大戦における行いに対する、痛切な反省と共に、心からのお詫びの気持ちは、戦後の歴代内閣が、一貫して持ち続けてきたものです。そうした気持ちが、戦後50年に当たり、村山談話で表明され、さらに、戦後60年を機に出された小泉談話においても、そのお詫びの気持ちは、引き継がれてきました。

３．こうした歴代内閣が表明した気持ちを、揺るぎないものとして、引き継いでいきます。そのことを、2015年8月14日の内閣総理大臣談話の中で明確にしました。

この3にある2015年の内閣総理大臣談話とは、安倍元首相が2015年8月14日に発表した「戦後70年談話」。南京に直接触れる文言はないものの、中国を含む周辺諸国に関して以下のように述べている。

　戦火を交えた国々でも、将来ある若者たちの命が、数知れず失われました。中国、東南アジア、太平洋の島々など、戦場となった地域では、戦闘のみならず、食糧難などにより、多くの無辜の民が苦しみ、犠牲となりました。戦場の陰には、深く名誉と尊厳を傷つけられた女性たちがいたことも、忘れてはなりません。
　何の罪もない人々に、計り知れない損害と苦痛を、我が国が与えた事実。歴史とは実に取り返しのつかない、苛烈なものです。一人ひとりに、それぞれの人生があり、夢があり、愛する家族があった。この当然の事実をかみしめる時、今なお、言葉を失い、ただただ、断腸の念を禁じ得ません。
また、こうも記している。

　我が国は、先の大戦における行いについて、繰り返し、痛切な反省と心からのお詫びの気持ちを表明してきました。その思いを実際の行動で示すため、インドネシア、フィリピンはじめ東南アジアの国々、台湾、韓国、中国など、隣人であるアジアの人々が歩んできた苦難の歴史を胸に刻み、戦後一貫して、その平和と繁栄のために力を尽くしてきました。
　こうした歴代内閣の立場は、今後も、揺るぎないものであります。

2005年4月の日中外相会談で提案され、2006年10月の安倍首相と胡錦濤国家主席(両者とも当時)による日中首脳会談での合意で立ち上げられた「日中歴史共同研究（外務省HP）」では、2010年に公開された論文で南京事件についてこう説明している。

中支那方面軍は、上海戦以来の不軍紀行為の頻発から、南京陥落後における城内進入部隊を想定して、『軍紀風紀を特に厳粛にし』という厳格な規制策(『南京攻略要領』)を通達していた。しかし、日本軍による捕虜、敗残兵、便衣兵、及び一部の市民に対して集団的、個別的な虐殺事件が発生し、強姦、略奪や放火も頻発した。日本軍による虐殺行為の犠牲者数は、極東国際軍事裁判における判決では 20 万人以上（松井司令官に対する判決文では 10 万人以上）、1947 年の南京戦犯裁判軍事法廷では30万人以上とされ、中国の見解は後者の判決に依拠している。
（中略）
日本軍による暴行は、外国のメディアによって報道されるとともに、南京国際安全区委員会の日本大使館に対する抗議を通して外務省にもたらされ、さらに陸軍中央部にも伝えられていた。その結果、38 年 1月4日には、閑院宮参謀総長名で、松井司令官宛に『軍紀・風紀ノ振作ニ関シテ切ニ要望ス』との異例の要望が発せられたのであった。