決済サービスを利用すると、使用料でざっくり１割くらい、他県あるいは他国の業者に流れてしまい、地域復興の目的が果たせません

それに、現状は1.5万円分の商品券を1万円で売ってますが、それでは1.15万で売るか発行部数を減らすことになりますが、よろしいですか？

あるいは将来的にはマイナンバーカードと口座が連携されることで、マイナンバーカード経由で簡単に市民にポイントバックが可能になります。しかし、マイナンバーカード反対の方が多く、実現はかなり先になるでしょう。