人間は肉体と意識と魂に分かれてるわけで
初期化するという事はそこで魂は離れてしまう＝死なんだよな
だからそれを本能的に感じ取ったヒューマノイドが直前で拒否して
最後まで本質である自分の魂のままで死ぬ事を選んだと言う事でしょ

バックアップされるのは意識だけだから
外見とかは全く同じでも違う人なんだよな
そしてそれを本質的に人間の女の子が感じ取って泣いたんだよ
同じ魂なら無意識化で同じようにクリーム入れてるからな