当時大流行してた梅毒をモデルとしたものではあるけどあくまで架空の病気
剣心の罪に対する罰のメタファー
贖罪をテーマにしてる漫画だから
本当に刀を振るえなくなってからも最後の誓いを貫き通したら行き着く所は弱者や生活困難者の介助活動であり、その中で同時流行していた感染症にかかってしまうってのはごくごく自然な流れなので邪推するようなことではない
んで最後まで誓いを貫き通した結果死に際に十字傷が消えて許されるってオチ