まあ、どのくらい漏れるかなんてわからんから、そのまま様子みたら？
波板施工の時点である程度の漏れはいいやとおもってるんじゃないの。

コーキングで防水なんて応急でやるものであって、標準的な施工ではないから多少の問題は付き物。
変色とか漏水の再発なんて当然あるもの。
問題出ないやり方なんてないと思うよ。

俺なら釘を一本残らず抜くね。
波板ならバールの爪入りやすいし、テコの原理使わず、引っ張って無理やり抜くわ。
力が入らなければ、波板の谷部分に木をかませてテコの原理で抜く。
釘頭潰れたら板外したあと叩いて曲げればいい。