通行料徴収可能なのはすでに回答済み
関門海峡は日本の領海なので、通行税を徴取する法律を
作れば可能。関門海峡を通過する大型船舶は関門海峡
海上交通センターに通報する必要があるのでその時に
通行税を徴取すれば技術的にも可能。
大隅海峡・津軽海峡は国際海峡であり、日本の領海法では
「特定海域」として公海とされているので、通行税の課税は
不可能。
（領海法を改定して「特定海域」を解除して日本の領海にして
通行税の法律を作れば可能となるが技術的に徴収が難しい）